Zapisy historyczne nie precyzują dokładnie daty powstania parafii Wojakowa, jednakże wzmianki zawarte w Aktach Kamery Apostolskiej wskazują, że istniała już przed rokiem 1320. Została  wyłączona z parafii Tropie, a w jej skład wchodziły wioski:  Wojakowa, Drużków Pusty, Porąbka Iwkowska, Łęki, Kąty, Dobrociesz, Połom Mały.

Według Jana Długosza kościół ufundowany został  przez rycerza Wacława Wojaka herbu Brohowicz w roku  1363 i początkowo nosił wezwanie Wszystkich Świętych. Budynek świątyni wzniesiono z kamienia łamanego w stylu gotyckim a dach pokryto gontami. Na terenie parafii Wojakowa, w Drużkowie, istniała też konsekrowana ( w roku 1661) kaplica pod wezwaniem Św. Bernarda Opata, która zbiegiem czasu uległa zniszczeniu.
W XVI  w ołtarzu głównym był obraz Wniebowzięcia  Najświętszej Marii Panny. Piękne dzieło, o znacznych wymiarach 2,20 X 1,60 m,  namalowane na desce lipowej przez artystę o nieznanym nazwisku. Przez pewien czas wizerunek ten przechowywany był na zapleczu kościoła,  a następnie prawdopodobnie w  roku 1904 przekazany do Muzeum Diecezjalnego w Tarnowie, gdzie można go oglądać.
Pod koniec siedemnastego wieku kościół w Wojakowej sprofanowali arianie. Bracia polscy to  grupa religijna, która wyodrębniła się z Kościoła Ewangelicko - Reformatorskiego. Był to najbardziej radykalny odłam polskiej Reformacji. W roku 1658 na Mocy ustawy sejmowej arianie zostali skazani na banicję  za współpracę ze Szwedami w czasie Potopu. W naszych okolicach dużym skupiskiem Braci polskich był Kraków i Lusławice.

Początkowo Parafia Wojakowa należała do archidiakonatu diecezji krakowskiej. W roku 1751  wraz z dekanatem  lipnickim została  włączona do archidiakonatu wojnickiego. W roku 1784 po zlikwidowaniu dekanatu lipnickiego parafia została włączona do dekanatu  brzeskiego. Pierwszy rozbiór Polski 1772 roku podzielił również diecezję krakowską. Część diecezji, w tym również parafia Wojakowa, znalazła się w zaborze    austriackim. Z galicyjskiej części diecezji krakowskiej papież Pius VI w roku 1786 powołał do życia diecezję tarnowską do której należało również probostwoWojakowa. Po trzecim rozbiorze Polski przez pewien czas diecezja tarnowska przestała istnieć a parafia Wojakowa znowu należała do diecezji krakowskiej. Taki stan trwał do 1821 roku, kiedy to utworzono przejściowo diecezję,  której siedzibą było opactwo benedyktyńskie w Tyńcu. Diecezja tarnowska została reaktywowana przez papieża Leona XIII w roku 1826. W roku 1891 następuje przesunięcie parafii Wojakowa z dekanatu brzeskiego do dekanatu Czchów. Przynależność ta trwała do roku 1928, kiedy to, po utworzeniu nowego dekanatu lipnickiego, Wojakowę włączono do tego dekanatu.

Na początku XX wieku budynek świątyni w Wojakowej był w złym stanie i coraz częściej pojawiały się plany budowy nowego. W roku 1930 rozebrano większą część kościoła, pozostawiając tylko prezbiterium, do którego w następnych latach dobudowano korpus. Z dawnego wyposażenia pozostała kamienna chrzcielnica oraz barokowy ołtarz z  łaskami słynącym obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem.

 Po drugiej wojnie światowej w roku 1949 parafię Wojakowa na nowo przydzielono do dekanatu czchowskiego i taki stan utrzymuje się do chwili obecnej.

15 grudnia 1980r od parafii Wojakowa zostały odłączone wioski: Kąty i Połom Mały w całości, oraz Drużków Pusty i Porąbka Iwkowska częściowo i powstała nowa parafia Kąty.

Kościół parafialny w trakcie budowy (lata 30- ste XX wieku)

Kościół parafialny w trakcie budowy (lata 30- ste XX wieku)